Duna: Parte Três adapta o terceiro livro da série escrita por Frank Herbert, "Duna: Messias" e se passa 12 anos depois dos acontecimentos da Parte 2, durante o império governado por Paul Atreides (Timothée Chalamet). Apaixonado por Chani (Zendaya) e casado com a Princesa Irulan (Florence Pugh), ele assume totalmente o papel de Lisan al-Gaib, o líder messiânico dos Fremen. Ainda atormentado por visões apocalípticas, Paul enfrenta as consequências de suas escolhas enquanto as diferentes ordens religiosas e políticas da galáxia travam uma Guerra Santa em seu nome.